21世紀初，日本生物科技高度發達，其所研制并獨家壟斷的生物機器人極大推進了時代的進步，但同時其潛在的危害性也不斷受到世界各國的指摘。不滿于其他國家對該技術限制的呼聲，日本于2067年單方面退出聯合國，用高科技手段屏蔽一切外來信號，再次進入鎖國狀態。

此后整整10年間，關于日本的現狀外界一無所知。美國政府急于了解日本當前的狀況，雖派出特種部隊SWORD秘密潛入這個已經封閉了十個年頭的神秘國家。當特種隊員VEXILLE（�木音）和里昂（谷原章介飾）進入日本后，眼前的一切卻令他們大吃一驚……