漂浮于日本一隅的和平而寧靜的龍宮島，是一座與日本本土隔絕的孤島。人們長年過著和平、安靜的日子。「你……在那里嗎……」有一天，從蒼藍色天空傳來這樣的聲音。緊接著，美麗而又不祥的生命體fostom襲來。被偽裝的和平在閃光和硝煙中燃燒。戰火開始蔓延……為了避難，真壁一騎被兒時好友皆城總士帶到了地下格納庫。在那里，他首度見到了人類對抗fostom的人形兵器——Fafner。「為了活下去」、「為了從現在逃離」，一騎決意駕駛Fafner開始了這場不知何時結束的戰斗……