三年前，“永遠之森”學園校車載著四名女生滑入迷霧神隱，唯一被尋獲的關鍵幸存者東云麻衣在沉睡三年后蘇醒卻失憶。廣域搜查官星崎劍三（小田切讓飾）和搭檔北島紗英（栗山千明飾）來到充滿異域南島風情的南熱海市，協助當地警察署偵查這起案件。兩人剛入境便遇到手持雙色棒棒糖的怪異老太，南熱海謎樣的一面自此迅速呈現在這對搭檔面前：學園的老師學生似有所隱瞞，市長與市民亦個個言行古怪，市內更存在著數處詭異的場所和莫名的NGO組織……隨著偵查的深入，不僅神隱案件的真相愈加撲朔迷離，當地層出不窮的迷團亦令星崎和北島身不由己陷入其中，難以回頭……