金魚姬是一條活潑好動的小魚，一次偶然的機會，它在漲潮時被沖進了玻璃瓶中無法脫身。此時，剛好來海邊度假的男孩宗介路過，幫它解困，從此人魚相識。宗介把金魚抱回家里喂養，一起玩耍，感情甚篤。由于海員父親終日出航，宗介只得跟母親相依為命，這讓他的性格孤僻自閉，甚至對長輩也不理不睬。但是，遇到金魚姬后，宗介逐漸改變了對生活的冷漠態度，這也讓他慢慢修復了性格中的缺陷。一次意外的海嘯中，宗介撞傷了身體，金魚姬沾染到了人類的血，飄回了大海之中。原來海洋中還有另外一個世界，那里有個操控水文環境的古怪男子藤本，因為發現了人類污染環境的丑陋，所以自造了另一個水中世界。他發現金魚姬沾染了人氣，正準備用魔法將它打回原形，卻事與愿違……