《蘋果核戰》的故事以未來為舞臺，因為人類總也無法抑制自己的慾望，所以爭斗不休，并且終于又引發了一次世界大戰。這場曠日持久的戰爭把地球整成了廢墟，但諷刺的是，這里沒有戰勝國。面對一個滿目瘡痍的地球，大家都輸了，人類是這場戰爭惡果唯一的生產者和品嘗者。這之后，呈現出疲憊與荒蕪的世界，由代理聯合國職務的國際調停組織——《總合管理局》代管了。為了恢復人類文明與繁榮，《總合管理局》建造了一個讓人民能享有富裕生活與安定和平的理想國度—— 《OLYMPUS》。《OLYMPUS》是由人類與機器人，還有透過遺傳工程，將人類感情中的憤怒與憎恨等負面情緒DNA移除后，制造出來的人造人，三個種族共存的烏托邦。然而，認為這是一個虛偽的烏托邦，不同意《總合管理局》強行建設《OLYMPUS》的反對份子也非常多。為了維護《OLYMPUS》的都市治安，以及對抗反對勢力等恐怖份子，政府決定組織名為《ES.W.A.T》的特殊武裝部隊，來應付各種日漸嚴重的犯罪危安事件。而故事就是圍繞著《ES.W.A.T》的其中的女隊員迪娜和她的機器拍檔布里亞萊奧斯而進行。