劇場版搬出了久違的[黑暗組織]，上一次出現是第5部《天國的倒計時》。今次的故事劇情主要講述以東京為中心，發生了6件大范圍的連續殺人事件。除了目暮警官、其他各縣的刑警們，還有小五郎都參加了搜查會議。在機緣巧合之下，柯南偶然發現從會議場溜出的一位刑警乘上了一輛跑車。柯南瞬間愕然，“那輛車…。難道，是琴的!!”這毫無疑問是[黑暗組織]中的一人喬裝打扮進入會議場地，然后乘坐琴的跑車逃走。連續殺人事件的兇手毫無疑問是[黑暗組織]的人。故事在此刻一觸即發!如果工藤新一還活著的事被琴知道了，不僅是新一，和他有關聯的柯南和其朋友們也會被抹殺掉。知道事情的極度嚴重性后，柯南開始了單獨搜查。