故事發生在戰國時代。出生於普通忍者家庭的豬名寺亂太郎為不負父母的厚望成為精英忍者而進入學忍術學校。在那裡認識了富商的兒子福富しんべヱ和戰爭中喪失父母的攝津のきり丸，??並成為好友，組成了“三人組”。
每集內容主要講述三位“忍蛋”（小忍者）在忍者學校所發生的趣事。電視系列劇曾先後在中國大陸、台灣、香港播映。忍術學校的目的是培養小忍者。在忍術學校裡有不同學科的??教授，性格各異的老師，高年級的天才忍者，女忍者，還有忍犬ヘムヘム，古怪的校長大川平次渦正，非常之熱鬧！亂太郎們三人組在上課和考試中常常失敗，並且總是在問為什麼，但他們仍堅持著並立志成為一流的出色忍者。
忍術學校的校長的變幻無常，總是作出奇奇怪怪的決定，因而發生了許多有趣的故事，亂太郎等也常捲入各種各樣的事件。小忍者們充滿正義感，面對任何困難都努力解決。 《忍者亂太郎》是一部日本的動畫影集，改編自尼子騷兵衛原作的漫畫《落第忍者亂太郎》。