Muv-Luv Alternative Total Eclipse故事時間為西元2001年，人類遭到了地球外起源種（聯合國稱其為BETA）的侵略，人口數量不斷減少，正面臨滅亡的危機。為了打破這令人絕望的局面，致力于對BETA進行戰斗的人型兵器「戰術機」的新型開發是人類眼下的當務之急。日本帝國斯衛軍中尉、衛士的黑發美少女篁唯依接到了巖谷中佐下達的特別任務，以日方技術主任身分參加「Prominence計劃」，目的地是育空基地的阿拉斯加。而另一邊，美利堅合眾國陸軍少尉、衛士的勇哉 布里吉斯被指派到極北大地阿拉斯加參與開發。之后會發生什么樣的事呢，他們的命哂謺�如何？

本次制作班底消息，擔當監督一職的是曾執導了「月桂樹的王子們」、「機械女仆」、「十字架與吸血鬼」的稻垣隆行，系列構成則是參與「十字架與吸血鬼」、「天元突破 紅蓮螺巖」、「ToHeart2」等作制作的山口宏。