故事發生在戰國時代。出生于普通忍者家庭的豬名寺亂太郎為不負父母的厚望成為精英忍者而進入學忍術學校。在那里認識了富商的兒子福富しんべヱ和戰爭中喪失父母的攝津のきり丸，并成為好友，組成了"三人組"。

每集內容主要講述三位"忍蛋"（小忍者）在忍者學校所發生的趣事。電視系列劇曾先后在中國大陸、臺灣、香港播映。忍術學校的目的是培養小忍者。在忍術學校里有不同學科的教授，性格各異的老師，高年級的天才忍者，女忍者，還有忍犬ヘムヘム，古怪的校長大川平次渦正，非常之熱鬧！亂太郎們三人組在上課和考試中常常失敗，并且總是在問為什么，但他們仍堅持著并立志成為一流的出色忍者。