超能英雄第一季主要描述一群平凡人如何變得不平凡而第二季將主要描寫這群與眾不同的人怎樣嘗試變回平凡人。為了重新過上普通人的生活，“英雄”選擇了逃避，紛紛離開紐約，卻有一股新的邪惡力量出現，企圖圍捕英雄們，讓他們做平凡人的美夢破裂。啦啦隊長克萊爾和養父班奈特一家重聚，為了躲避神秘組織HRG，他們隱居在加州，盡可能不引人注意，可是事與愿違，克萊爾第一次談起戀愛，卻發現男友維斯特身上有著組織HRG的“標簽”。“暴力女”妮基不再人格分裂，她學會控制自己的力量，一心想和兒子過上新生活，卻發現自己被暗中監視……和逃亡相對應的，是反派對英雄們的追殺。從預告片中可以看到，“開腦狂人”塞勒并沒有死，他將繼續追殺各位英雄，通過剖開他們的腦殼從中獲得超能力。同樣在尋找“英雄”的神秘組織HRG的真面目也進一步被揭開。原本的首腦林德曼在第一季中被殺，而阿寬的父親Kaito——組織的另一位領導人的戲份將大大加強。另外，似乎還有新出現的第三方邪惡力量代表……在追與逃的過程中，驚心動魄的故事逐漸展開。