故事最初的舞臺是崎縣的波切島上。12歲的奈緒子為了治療哮喘而來到了這座小島。在這里，她與當時10歲的超級喜歡跑步的少年雄介相遇了。可是，這次的相遇卻因為接踵而來的悲傷的事件綠色軟件而起了變化。被雙親帶著出海釣魚的奈緒子掉到了海里，雄介的父親為了救她的命，自己卻丟掉了性命。因為年幼，雄介將自己的悲傷向奈緒子發泄了過去：“把父親還給我！”從那時起，奈緒子就一直承受著奪走了雄介父親的罪惡感而痛苦不已。不久，雄介人生中最初的馬拉松賽第一回的九州賽區馬上就要開賽了。而一直偷偷地注意著雄介的奈緒子也跟著來到了九州。機緣巧合之下被拜托了當安卓軟件雄介的遞水人員。并在供水的地點等著雄介。但是，這又引發了新的事件。雄介在長跑過程中雖然因為得到的順序排得不太好，但卻以令人驚異的速度追趕了上來，但卻被倒水給他的奈緒子給動搖了。在他拒絕了奈緒子的水之后，因為脫水癥而倒了下去，沒能跑完全程。奈緒子知道雄介現在仍然沒有原諒自己，更加感到悲傷。知道兩人間復雜的過去的西浦導演，為了再度推動兩人之間凝固了的關系，而讓奈緒子作為社團經理一起與田徑部迎來了夏季合宿。就這樣奈緒子開始了與雄介、以及目標成為高中馬拉松長崎代表的社員們一起生活的夏天。西浦在這個夏季也有著特別的感情。在地獄般的練習中，奈緒子和雄介兩人知道了西浦的想法及沖擊性的事實真相。……