蝙蝠俠（邁克爾?基頓Michael Keaton 飾）歸來了！自從打敗“小丑”後，高譚市獲得片刻的寧靜。然而，又一個強大的對手出現了！這次是脾氣乖張暴戾的“企鵝”。
　　“企鵝”因為是次子，所以自幼就被父母遺棄，落下殘疾，導致“企鵝”對整個社會都心生不忿。長大後“企鵝”的企鵝決心殺回高譚市，將市內的長子都殺光，並控制整個高譚市。在迫使邪惡商人馬克斯（克里斯托弗?沃肯Christopher Walken 飾）幫忙後，“企鵝”順利當上了高譚市長。同時，馬克斯的秘書西莉婭（米歇爾?菲佛Michelle Pfeiffer 飾）意外獲知了他們的秘密，在遭受他們迫害時意外獲得了超強能力，成為了亦正亦邪的貓女。
　　蝙蝠俠這次將面臨“企鵝”和貓女的雙重挑戰！