作品起始時間設定在了11年的4月，因雙親要在海外出差，所以一人留在日本的主人公以一年為期限住在了舅父的家裡。之後轉校到八十神高中的他得知一個深夜電視的傳言“在雨夜的十二時，只要看著關閉著的電視屏上自己的臉，就會浮現出另一個人的映像”。主人公與同伴為了確認這一傳言是否屬實，不料被拉進了異空間，在那裡被稱為暗影的怪物襲擊，與怪物接觸時主角一行人的Persona能力覺醒。為了掘開深夜電視與連續殺人事件之間的關係，以及避免其他人被捲入該事件，他們組成了特別搜查隊展開了戰鬥。