木靈寶貝之重回帆智谷神奇國度帆智谷的公主魯可可，厭倦了事事被父親都安排好的生活，總盼望能去外面的世界闖蕩。此時,有幾只受到污染的木靈寶貝，從帆智谷跑到了寧靜美麗的濱江之城，給濱江之城帶來了破壞和災難。于是，可可公主借著追尋木靈寶貝的機會，來到了濱江之城。生活在濱江之城的小學生章迪生，喜愛發明和探險，一直夢想著成為父親那樣的探險家。一次奇妙的相遇，章迪生認識了可可公主和她帶來的兩個木靈寶貝烏拉和奇路，并陰差陽錯地與木靈寶貝奇路簽訂了木靈契約，具有了神奇的自然之能。為了恢復各自生活的安寧，凈化已經被污染了的木靈寶貝，阻止他們對環境和人類的破壞，迪生和可可成為了好朋友，一起克服重重困難，開始了他們驚險刺激又妙趣橫生的旅程。