西歷2059年，計劃尋找新天地的銀河移民船團“macross frontier”上，一名以駕駛員為目標而努力的少年早乙女阿爾特感受到了前所未有的閉塞感。這個時候，位于銀河頂端的歌姬雪莉露·諾姆來到船團舉行巡回演唱會，阿爾特以及憧憬著雪莉露的少女蘭花·李當天都來到了會場。然而演唱會當中，卻突然遭到重機架生命體的襲擊。為了保護少女們，阿爾特登上了最新型可變戰斗機VF-25。在戰火烽煙的盡頭，傳說中可以震撼宇宙的“歌”以及糾纏著少女們的“迷”究竟是什么……