《Sacred Seven》的故事舞臺設定在一個港口城市中，故事圍繞著含有其中特別力量的原石Sacred Seven所展開，其中代表正義的力量是“善石”而邪惡的怪物則是“惡石”。 某一天，在一直孤單地一人生活的男主角丹童子阿爾瑪面前，突然出現了一位帶領著執事和女仆的少女藍羽瑠璃。藍羽的目的是希望能借用丹童子那寄宿在他身上的Sacred Seven力量。但是，在過去因曾經使用了那力量而傷害了其他人的丹童子理所當然地把瑠璃她們趕走。 另一方面，這個平穩的城市中突然出現了石之魔物“惡石”，并同様為了丹童子身上的力量而來。原來，瑠璃是能夠把丹童子身上的Sacred Seven力量真正地解放出來，并練成寶石，使丹童子能夠擊退“惡石”。本篇的男主角丹童子由于過去力量的暴走，使他變得會避開周圍的人，并因此過著孤單的學園生活，但會因為瑠璃的出現，而使他開始正視Sacred Seven的力量。