故事的舞台設定在公曆2034年，也就是動畫版GIG“難民事件”結束的兩年後。增員20人的新重組的公安九課又再臨危受命，調查以梵文刺青為標誌的恐怖分子的連續自殺事件以及機場人質劫持事件。從疑犯口中得知，潛藏於事件背後的幕後黑手，是一個被稱為“傀儡回”的超高級黑客。巴特在一次暗中調查時，與久違兩年的少佐草薙素子不期而遇，然而重逢十分短暫，素子神秘的行動，以及那句“不要接近Solid State Society”的忠告，就連巴特也誤認為素子就是“傀儡回”。因兩年前素子的失踪而被任命為隊長的陀古薩，正在為神秘自殺事件困惑，與此同時又一件頭痛的事件接踵而來——發現16名被綁架的失踪兒童，而且這些孩子們都被刪去了關於父母的部份記憶，追查其監護人，竟然都是孤獨無依的鰥寡老人。調查越深，事件越發不可思議，失踪小童的數字竟達兩萬多人，政府官員意欲僱凶自殺，如催眠師般的“傀儡回”無線入侵，陀古薩的寶貝女兒被盯上，甚至陀古薩的性命也差點不保……一個個謎團如沸水般不停冒泡，越演越烈，Solid State Society究竟指的是什麼？在大家都茫無頭緒之際，素子終於現身，她將為事態帶來怎樣的轉機？