小智一行人依舊在無盡的旅途中前行著。某日，一個巨大的寶可夢忽然從天而降，它的真身竟然是幻之寶可夢波爾凱尼恩！波爾凱尼恩生活在偏僻的尼貝爾高原之上，在那里生活著很多和它一樣曾經遭到人類傷害而對人類失去信任的寶可夢們。而如今，波爾凱尼恩為何會出現在此地？它究竟想要做什么呢？ 一道神奇的無形的鎖鏈將小智和波爾凱尼恩牢牢的鎖在了一起，無奈之下，波爾凱尼恩只得帶著小智一起前往它的目的地阿佐特王國。在那里，貪婪而又邪惡的大臣賈維斯得到了珍貴的人造寶可夢瑪機雅娜，瑪機雅娜所擁有的“魂心”隱藏著極為強大的力量。賈維斯企圖利用它的力量成為整個國家的統治者。