魔法科高校的劣等生劇場版改編自佐島勤原作小說，故事發生在二十一世紀末的日本。魔法，這不是一個傳說，而是現代科學的一項技術。它被應用至今已經超過一個世紀。曾經被稱為「超能力」的先天具有的才能被以“魔法”這個姓名的體系代替，高超的的魔法師被認為是國家的實力。西歷2095年的春天，重生入學的季節。國立魔法大學附屬榜首高中——通稱“魔法科高中”，是由成績優秀的“一科生”，和作為一科生候補的“二科生”所構成，他們也各自被冠上了“花冠（bloom）”，以及“雜草（weed）”之名。就在這樣的魔法科高中里，一對兄妹入學了。兄長是，擁有著缺點的劣等生。小妹是，白璧無瑕的的優等生。不管什么事都抱著達觀態度的劣等生兄長，和對他抱著作為血親以上感情的優等生小妹。跟著這兩人進入這間精英學校的大門，這平穩的學院，也開始了騷亂的日常。