故事發生在二十一世紀末的日本。魔法，這不是一個傳說，而是現代科學的一項技術。它被應用至今已經過了一個世紀。曾經被稱為「超能力」的先天具有的能力被以“魔法”這個名字的體系替代，高超的的魔法師被認為是國家的實力。西歷2095年的春天，新生入學的季節。國立魔法大學附屬第一高校——通稱“魔法科高校”，是由成績優成績優秀的“一科生”，和作為一科生替補的“二科生”所構成，他們也各自被冠上了“花冠（bloom）”，以及“雜草（weed）”之名。就在這樣的魔法科高校里，一對兄妹入學了。兄長是，擁有缺陷的劣等生。妹妹是，完美無缺的優等生。無論什么事都抱著樂觀態度的劣等生兄長，和對他抱著作為血親以上感情的優等生妹妹。隨著這兩人進入這間精英學校的大門，這平穩的學院，也開始了騷亂的日常。