克里斯擊潰邪惡的阿亞博士之後，從死亡邊緣把他的父親R羅赫特救了回來，克里斯繼續與邪惡作鬥爭維護蒼生。如今克里希納與普瑞雅婚後生活十分的幸福美滿，他的父親羅赫特用他的科研成就致力於造福社會。克里斯成為人們最愛戴的救世英雄，然而，他們卻不知道，另有一股黑暗勢力在這個世界的某一處悄然滋生。卡爾，一個邪惡的天才，濫用他的天賦異能，肆意製造恐懼、死亡、破壞。他擁有一支非常危險的軍隊，不久之後, 卡爾的邪惡計劃開始付諸行動。克里斯和羅赫特都意識到：他們所面臨的是一次前所未有的危機，只有他們齊力同心才能對付，但是最終當克里斯、羅赫特與卡爾和他的軍隊正面交鋒時，讓他們都未曾預料到的是，卡爾的強大，不僅是讓世界陷入災難的深淵，還讓克里斯的力量和愛以及他的家人面臨嚴峻的考驗......[1] 【故事版本2】在拯救了父親神秘博士之後，（寶萊塢）超人和戀人路易斯·朗以及父親過上了平靜的普通生活。為了掩飾自己的超人身份，克里斯到處找工作，但總是因為在關鍵時刻拯救人類而頻頻被老闆炒魷魚……直到有一天，非洲浣熊市遭受到致命病毒入侵，生靈塗炭。而後孟買也遭到同樣的生化病毒入侵，超人和父親神秘博士在研究中發現了解毒抗生素，並再一次成功拯救了孟買。但他們萬萬沒想到，這一切的罪魁禍首其實是遠在南極的隱居的插教授（其實是萬磁王）。插教授身殘志堅，利用生化科技創造出了一系列的屬於自己的“X戰警”，而他最得力的助手是美麗的魔型女。插教授發現孟買被抗生素拯救之後，便令魔型女等手下去找線索。魔型女一行順藤摸瓜找到了神秘博士，在超人與”X戰警“小分隊纏鬥時，路易斯·朗被帶走，魔型女變成她的樣子準備找到神秘博士能開發出抗生素的原因。但是，在這一過程中，魔型女漸漸對超人產生了好感，於是她決定背叛插教授。與此同時，神秘博士也了解到了事情的真相，可惜被插教授抓走，並被插教授從他那裡獲得了秘籍恢復了萬磁王的真身。超人識破了魔型女的變形的詭計之後，在魔型女的引導下找到了插教授，魔型女替超人救出了路易斯·朗，但隨後自己被萬磁王殺害。超人找到了萬磁王，也了解到了真相…………但超人卻不敵萬磁王，扑街。神秘博士在有一個關鍵時刻，使用了自己的音速起子，犧牲了自己，讓自己的兒子超人原地滿血復活。為了拯救自己的愛人，為了自己的親人，為了全人類、全世界、全宇宙……超人決定找到萬磁王一決雌雄……