設定在魅影在巴黎歌劇院消失十年之后的美國科尼島樂園，女主角克莉斯汀應邀前往紐約科尼島的游樂園表演，她和先生與小兒子一起前往，沒想到很快發現邀請者的身份竟然是魅影。于是，克莉斯汀和魅影之間全新的故事就此展開。1907年，曼哈頓69號碼頭，從法國開來的大型輪船帕爾賽佛涅號緩緩駛入，輪船上全是最高級別的貴族。著名女高音克利斯汀·戴伊和她丈夫拉烏爾及10歲的兒子古斯塔夫同船抵達。克利斯汀這次將應邀在科尼島新開業的歌劇院作首演。”故事從此開始，隨著劇情的推進，人們發現新歌劇院的主人原來就是上集結束時消失了的“魅影”。