故事從97年《最終幻想VII》結局兩年之后開始，當人們以為世界已經和平之時，所謂的“星痕癥候群”的病卻開始四處蔓延，世界再度面臨危機。同時曾經為拯救世界而戰的英雄克勞德以及與之共同浴血奮戰于戰場上的同伴們卻與世隔絕的生活著，因為艾莉絲的死，致使克勞德到如今還沉浸在無限的傷痛之中，殊不知危險已經慢慢地向他靠近了……

“完全版”追加了前版沒有的許多要素和細節，除了將劇情補充完整和對故事背景做更詳細的闡釋外，新增的大量戰斗畫面必定會令“最終幻想”系列的粉絲們大呼過癮，而克勞德與薩菲羅斯的宿命對決依然是影片的重頭戲。