德川幕府末期，來自外太空的天人降臨，江戶完全處於他們的??統治之下。在此之後，天人文明高度發達，高樓大廈拔地而起，電車電話遍布大街小巷。在這座現代化都市的一隅，平素裡懶洋洋但骨子裡仍秉持著武士之魂的坂田銀時（杉田智和配音）經營著一家接受客人各種委託的萬事屋。在存在感稀薄的志村新八（阪口大助配音）和夜兔族倖存者神樂（釘宮理惠配音）圍繞下，萬事屋度過繁忙而又麻煩多多的每一天。
某次意外事件，銀時被拋入時空隧道出現在五年後的世界。呈現在他眼前的，是被神秘病毒“白色詛咒”飽經摧殘已成廢墟的江戶。百姓貧困痛苦，攘夷志士策劃向政府發動絕死反攻，社會秩序全面崩潰。在此期間，徬徨無助的銀時邂逅了兩個年輕人，一個是腰別洞爺湖英姿颯爽的眼鏡青年，另一個是帶著巨大的白狗身著華服的冷艷美女，他們竟然是已經成長起來了新八和神樂！更令銀時難以置信的是，他竟親眼目睹刻有自己名字的墓碑！
　　過去五年究竟發生了什麼？如何才能改變這個沒有銀時、遍布黑暗與恐怖的未來？