Seele堅信人類必須要向嶄新的世界邁進，企圖要讓宿命毀滅，而毀滅也是為了新生的喜悅而存在，為了讓神、人類及所有生命終能透過\"死\"合而為一。Seele因此而派出戰自對Nerv本部進行直接佔領。處於危機之刻的Nerv，美里為保全明日香，雖然明日香還無法與貳號機同步，但美里還是將明日香送上貳號機，至少她在EVA里是最安全的。而真嗣卻在該出動初號機時，并未在他該在的地方，美里也因擔憂真嗣安危而前往其所在之處。只想著要逃避的真嗣與重拾精神及自尊的明日香，這2人形成了明顯對照。明日香 #123;駛著貳號機，力戰Seele派出的9臺EVA系列機，最后卻敗於朗基努斯之槍之中，并被其他EVA系列機給吞食。真嗣對自已沒有自信也怕傷害別人，但是最后也因為初號機的甦醒、感應到母親，他還是搭上了初號機。 另一方面，零則是離開了碇源堂，不再做他的洋娃娃了，并回到亞當身上，引導了第三次衝擊的發生。真嗣深怕傷害別人的想法，與看見貳號機慘狀之下，他最終還是與零同化，引發了第三次衝擊。使徒所持有的生命之果與人類所持有的智慧之果，同時擁有這兩者的EVA初號機將成為與神同等的物質，今后他會在第三次衝擊的虛無中，成為拯命人類的方舟 亦或是毀滅人類的惡魔...