元軍攻打日本之際，中國大陸的妖怪為了得到死者魂魄亦東渡日本。在這里，他們遭遇了犬夜叉的父親斗牙王。經過一番艱苦鏖戰，大陸妖怪最終被封印在斗牙王的牙齒中。時間回到戰國時代，四魂之玉的一枚碎片飛到不歸之森，喚醒了大陸妖怪首領之子瑪瑙丸。為了解開被斗牙王牙齒所封印的力量，瑪瑙丸派隨從琉璃、玻璃將犬夜叉一行人引到不歸之森，并誘使犬夜叉用鐵碎牙斬斷結界。結界消失，被封印上百年的力量開始復活，瑪瑙丸變得愈加強大。與此同時，玻璃和琉璃分別奪去了珊瑚的云母和法師的風穴，使犬夜叉一方陷入苦戰；另一方面，戈薇的意識被瑪瑙丸控制，她迫不得已用箭再次將犬夜叉封印，之后更被桔梗推入枯井，穿越時空回到了現代……