某夜突如其來刮起一陣帶有彩虹色光輝的龍捲風，漸漸巨大化並徽秩�世界。
翌日早上，操真晴人/假面騎士Wizard與歷從睡夢中醒來後，卻發現所有景象猶如另一個世界，街上充斥著的是使用魔法的人。甚至同伴奈良瞬平與大門凜子像失去過去事情的記憶般變得形同陌路人。
途中偶遇名叫椎名的少年，得知原來製造出彩虹色光輝的龍捲風，把世界變化成為“魔法王國”的元兇是號稱“金色魔法使”的人－假面騎士Sorcerer，為尋求真相而向國家統治者瑪雅大王身處的城堡“翡翠城”進發。