《蟲之歌》中的“蟲”是一種異型怪物，在給予這些“附蟲者”（蟲憑き）超能力的同時，作為代價給“附蟲者&rdquo ;帶來了世人的恐懼和憎恨，乃至要被從社會上抹殺的境地。故事要從高校生藥屋大助在轉校初日與一個名為杏本詩歌的少女相遇開始。一臉憂鬱的弱氣LOLI詩歌是從收容“附蟲者”的極秘組織“GARDEN”中出逃的逃亡者，大助立刻接收到好人共鳴，決定幫助她。而負責將“附蟲者”從世間抹殺的政府機關“特別環境保全事務局”簡稱“特環”則派出了殺手追殺詩歌。
實質上“特環”其實也是由一些得到一定程度自由保障的“附蟲者”組成，與其他“附蟲者”不同的是，“特環”的“附蟲者”與普通的“附蟲者”不同，他們是擁有“火種”的特殊能力，並分為“同化型”、“分離型”、“特殊型&rdquo ;“附蟲者”的“異種”，根據其危險性被排成1-10號，也就是說被指定為“1號”的就是最強的“特環”殺手。另一方面，“蟲”的特性在賜予“附蟲者”超能力的同時會吞噬宿主的夢境，而將宿主的夢境吞噬乾淨之後就是宿主的死期。那最終大助與詩歌，還有“特環”的異種“附蟲者”最終的命呤牵�