在近未來，西太平洋上突然出現了超巨大停滯性颱風『グランドロア』
因為它的出現，世界的氣候發生了巨大的變化。
受它的影響，世界各地的海平面上升，海流、氣候發生嚴重的變動。
以亞洲為中心，給世界各地帶來了巨大的災害,這場自然給人們帶來的災害被後人們稱為『ケース·オメガ』，他所帶來的巨大傷痕永久的記錄在了歷史中。
『グランドロア』發生後50年,人類血汗的努力終於有了成果
海洋航線的重要性再次被人們所認識到、並迎來了第2次大航海時代。
但是，暗中活動的現代化恐怖組織『海佟粋儊K不希望人們對海洋的發展。
為了消除『海佟坏耐�脅，民間企業組建起了武裝自衛機構。
本片所講述的，就是在這樣的一個世界中，因為『海佟坏耐�脅、立志成為民間所屬護衛艦的乘員的少女們的故事。