武藤遊戲將最後的一塊積木拼上去，完成了這個倒轉四角錐體的千年積木後，遊戲體內的另一個自己「無名法老王」卻在這時甦醒了……可是在另一個地方，與此相似但不是正道的另一個千年積木卻因此?生了共鳴，它是個朝上的四角錐體。在埃及的沙漠地底深處，一個古老的邪惡靈體因此從長眠中甦醒過來。 「我是胡狼頭神。我要消滅法老，同時亦要造出一個新法老來」。這個是在幾個世紀前被法老王擊敗的胡狼頭神，為了擊敗遊戲將世界據為己有，而重回世間展開復仇大計。最後，遊戲和他的朋友們能否在地球被時間的沙粒所淹沒前，擊倒史上最強的敵人呢？