故事發生的時間是定在１９９X年之前，巨大的神秘行星【拉美圖】，將會同地球相撞，時間是１９９９年０時９分９秒，人類將會在那次意外中滅亡，生存機率會是０.１﹪。

    故事開始是男主角《雨深初》在回到家的時候開始，正當《雨深初》正想走到自己家工場時，其父親大聲的說：【初仔，不要入來，快些走......】就發生大爆炸。一夜之間，《雨深初》就成為無父無母的孤兒。後來得到其叔父，雨深所長的收留，雨深所長是築坡山天文台的所長。在那裡，《雨深初》認識了女主角《雪野彌生》；同時亦得知世界將會遇到可怕的末日危機。

    《雨深初》為了了解其父身亡的原因，郄遇上了自稱是【千年盜佟康慕M識，並得知他父親的意外是和另一組織有關，那就是【千年女王】。後來，《雨深初》遇到了【千年女王】組識的人，並來到地下大洞穴，認識到【千年女王】的助手，屋村管理人，女王墓地的守護者，當然還有《千年女王~雪野彌生》。

    《雨深初》明白其父的意外，是為了解救人類的希望的神秘能源發生的爆炸；並不是和【千年女王】有關。同時《雨深初》亦明白其父的意願，也有著父親的遺願，儘自己的一點力，聯合【千年盜佟亢汀厩�年女王】的兩大組織合同解救人類的未來；但是【千年女王】的助手並不贊成這樣，從中作梗，還聯略了【拉美圖】的皇后，派出了巨大的戰艦艦隊，還有新的【千年女王】到來。

    在【千年女王】的繼任人選之戰中，《雪野彌生》成為了新任的【千年女王】。同時【千年盜佟恳埠途薮蟮膽鹋炁炾牄Q戰，還得到【千年女王】的幫助，將巨大的戰艦艦隊消滅，但艦隊的總指揮郄暗中的逃到地球，並且聯略上【千年女王】的助手，收集《千年女王~雪野彌生》的種種罪証。而且從中破壞【千年盜佟亢汀厩�年女王】合作的事兒。

    經過無數次的聯絡，【千年盜佟亢汀厩�年女王】終得到互相的信任，而且解決了艦隊的總指揮；但【千年女王】的助手郄給逃掉，成為日後的一個惡果。

    後來【千年女王】去到自己的故鄉【拉美圖】或星，請求皇后救救地球人，但【拉美圖】皇后也無能為力，不是她不想救地球人，而是身為【拉美圖】的統治者，對自己的子民也要顧及他們；而且這是宇宙自然的定律，她也無法幫助。最後【千年女王】只有和地球的【千年盜佟克麄円煌�想辦法去救地球人。

    時間越來越逼近，地球上自私的人類開始為離開地球的太空船而產生爭奪戰，而逃離的人也因意外而死亡，原本準備好的方法，也因自私的地球人，而變成不可行，而且在過程中，更發現了人類自以為是的階級觀念。雖然人類是如此這般的令人無法去解救他們，但並不是所有人都是這樣。在或星【拉美圖】的來臨時，氣象發生了變化，但人們努力地去自救，這讓《雨深初》明白人類並不是全都是無可救藥，亦令到【千年女王】積極的去找辦法。

    最後經過多番努力，超巨型的太空母艦完成了，而同時地下的巨大洞穴內的建築物可以容立大部份的地球人，但是生存的機率只是增加到１﹪。而【千年盜佟恳嗳サ健纠�美圖】或星告訴皇后，其女兒為人類所付出的愛心，而【千年盜佟繉�於有這樣一個妹妹，覺得是天大的一個鼓勵，【千年盜佟烤褪恰厩�年女王】的姊姊。

    末日的日子來臨，【千年女王】坐著超巨型的太空母艦走到【拉美圖】或星前，將本身天生的超自然力量發揮出來，令到兩星球沒有撞上，但【千年女王】郄因動用了過大的力量，消失於太空中。

    而這故事就成為《雨深初》的一個《千年女王的傳說》，也是人類的一個《千年女王的傳說》。