子玉川學園棒球部的成員們都升上三年級，球隊顧問川藤老師也重回學園。2009年春，隨著新學期的到來，棒球部迎來了兩名新隊員。一個是初中時就赫赫有名的赤星獎志。另一個是誤解了平冢為了追隨他才加入棒球部的濱中太陽。原以為球隊會因為新血液而更有活力，誰料驕傲的赤星認為自己的目標是職業聯賽沒必要練高中棒球，根本不起勁；濱中在了解了平冢的真實性格后大為失望，開始鬧別扭。為了保護被不良學生糾纏的赤星，御子柴腿骨骨折，肯定無法參加夏季地區預選賽了。大家在御子柴的病床立志要打入全國大賽，他們的熱情感染了赤星和濱中。

　　二子學園隊順利度過第一輪和第二輪，準決賽上也表現出色。決賽中他們所面對的是笹高中隊，該隊的王牌投手川上貞治是唯一曾在初中時代擊敗安仁屋的強敵。在對手巧妙的策略和川上的強勁實力面前，二子學園陷入了苦戰。突然若菜又發生了意外。

　　二子學園能夠進入夢想的甲子園么？