鐵匠常虎睡了酒坊掌櫃肖岳的老婆沈月紅，姦夫淫婦被捉姦在床；年輕迂腐，卻因會說日語而當上鎮長的李從文決定主持公判。公判結果最終在居民們的哄笑中執行；而就在此時，一支日軍小分隊前來巡查！日軍小分隊無意間的發現為自己招來了殺生之禍。
     凌晨時分，全鎮居民竟都變成了殺人利器。日軍小分隊9人，在一刻時辰內徹底蒸發----一個驚人秘密浮出水面：小鎮所有的成年人，都是軍統特工！
    小分隊的意外失踪引起日軍重視，山田中隊長親自接手案件。經過與霸下鎮居民的接觸，山田意識到霸下鎮絕非善地，於是使計暫留在小鎮繼續暗中調查。日軍支隊傾巢而出、用最快速度趕到並包圍了小鎮。絕境下，霸下鎮特工領導者李從文及肖岳密郑菏虑轸[大了，除了盡數幹掉這支日軍，已別無他法！
     山田支隊覆滅，事件被偽裝成遭遇共產黨敵後武工隊襲擊。但李從文和肖岳都意識到禍端已起、再難收場。要想秘密最終不被掀開，唯一的辦法，就是改變當前的戰勢格局、讓小鎮所處地區成為國軍的勢力範圍。於是，李從文與何莜真領赴了這個難似登天的使命。
     小鎮特工是不允許主動聯繫組織的，如此情勢下只有一賭：驚動上峰，逼其決策！結局，或成功、或被剿殺於無形。李從文與何莜真以自陷囹圄的方式成功地驚動了上峰，然而，是改變戰略格局來掩藏秘密，還是用滅殺的方式封藏秘密，高層中的兩種意見相持不下，李、何二人因之命懸一線；與此同時，軍長祖成武因愛將被二人所殺，紅了眼要將他們大卸八塊……
    上峰做出決定，小鎮接到密令：肖岳、常虎、沈月紅等人協同李從文、何莜真，設法打入日軍內部，為國民黨的戰略反攻裡應外合；這個決定意味著戰略格局即將改變。不久，眾人在敵占區匯合，並隨即炮製了一起倒戈事件，以血腥之代價讓常虎變成軍統組織的叛徒，常虎因此受到了日方機構的重用。自此，特工們開始向敵營的各個環節滲透！
     國民黨正面戰場上的戰略反攻開始，滲透於敵營各個環節中的特工們迅速摧毀了通訊、並展開一系列暗殺和破壞行動。日軍本部一片大亂，刻意據守而失去了馳援的機會，於是，霸下鎮及其周邊區域被祖成武親率一支部隊迅速攻克……
     秘密成功掩藏、小鎮恢復平靜，然而，此後的特工們卻多了一份前路茫然的放縱。
      小鎮突發傳染病，小鎮的氛圍開始變得詭異。肖岳的舊情人師蘭奉上級命令前來支援。李從文思索起心中的疑團來：師蘭曾與肖岳同期受訓，那麼，她真的就單純是疾控局的工作人員嗎？
事實上，師蘭的另一個身份是組織處特派員，傳染病的擴散正是她的傑作。而師蘭的所作所為來自於上峰密令：滅絕小鎮特工，並對小鎮人員全部換血……