故事發生在江戶時代末期。明石藩江戶家老間宮在老中土井的府邸門前切腹自殺。間宮之死是一種抗議，抗議生性殘忍的明石藩主松平齊昭不斷殺害無辜百姓的暴行。十三刺客的劇照(11張)齊昭是將軍德川家慶的弟弟，明年將就任老中。這一自殺事件震動了幕府。土井認為此事關乎國之存亡，下令御目付島田新左衛門暗殺齊昭。新左衛門領命，他四處奔走，召集到了十一名武藝高強的刺客，其中包括：御徒目付組長倉永、浪人劍客平山、新左衛門那個眠花宿柳嗜酒好賭的侄子新六郎。暗殺計劃雖是秘密籌備，卻依然被齊昭的心腹鬼頭半兵衛聽到了風聲。新左衛門與鬼頭本是師兄弟，但兩人選擇了不同的道路。鬼頭開始暗中布置與昔日同門展開較量。新左衛門認為只有在從江戶回明石的路上才能對齊昭發動奇襲，行動地點定在了落合宿。只要明石藩一行無法進入尾張藩，他們就會經過落合宿。為了能讓齊昭入套，新左衛門將計劃告訴了尾張藩的牧野靭負，請求他出手幫忙。牧野的兒子與兒媳被齊昭所殺，與之有舊仇。刺客們迅速趕赴落合宿，要在那里建起足以迎擊明石藩一行的要塞。途中，山民木賀小彌太也加入進來，連同新左衛門，共十三名刺客集結在了落合宿。不料，眾人左等右等，總不見齊昭來到落合宿。就在大家以為計劃失敗之時，兩百多騎人馬殺氣騰騰而來。原來鬼頭儲備了足夠兵力，準備誅殺新左衛門等人。混亂之中，大橋被炸，明石藩一行失去了退路。13人對300人的生死決戰拉開了帷幕……