在1000多年前,斯皮拉大陸上的兩大國家,貝貝魯和塞那魯,之間暴發了一場爭奪霸權的戰爭.貝貝魯使用著高度發展的機械兵器,而塞那魯卻以傳統的召喚術作為戰斗的武器.戰爭毫無懸念地以貝貝魯的勝利宣告結束. 塞那魯的幸存者們用他們全部的剩余力量召喚了夢的塞那魯,而他們的最高召喚師則用生命召喚了辛,辛破壞了一切,直到被最高召喚師的女兒和女婿擊敗.浩劫后的斯皮拉大陸滿目蒼痍, 貝貝魯的高官們為了獨占利益而創造了艾本教.于是, 斯皮拉大陸的人民被欺騙了整整1000年。
　　在這場戰爭中,發生了一件小插曲.插曲的主角是蓮, 塞那魯最著名的歌星,和她的戀人修因.正常情況下,這兩人應該是會幸福地結束一生的.可戰爭發生了,除了歌星外還是一個召喚士的蓮,即使明知這是一條必死的道路卻依然不得不走向戰場.在塞那魯千千萬萬的人之中,有一個人決心無論需要付出多大的代價也要讓蓮活下去.他想到了維魯根, 貝貝魯制造的最強戰斗機器.雖然這由于這機器根本無法完全控制而被封印在了貝貝魯宮的地下,可這是唯一能結束戰爭的方法.抱著這樣的想法,修因潛入了貝貝魯宮, 維魯根已經在他的掌握之下了.與此同時,知道了修因的計劃的蓮,在了解到維魯根的暴走將毀滅整個斯皮拉大陸后,為了阻止修因也進入了貝貝魯宮,當她見到修因時, 貝貝魯宮的守衛們發現了她們.于是悲劇上演了,蓮在修因的眼前被槍殺,修因卻被關入了貝貝魯宮的地下監獄.為了拯救戀人的行動卻導致了戀人的死亡,故鄉塞那魯也一步步走向滅亡,修因對自己,對貝貝魯宮的怨恨逐漸變成了對世界的怨恨.忽然辛來了,修因在怨恨中死去,可他的無窮的怨恨和悲傷卻和幻光蟲結合在了一起,在米翰街道的密洞中積蓄著力量。
　　于是1000年過去了,修因的一切早以被世人遺忘.就連寺院也只知道這個密洞中有著可怕的魔物,沒有人知道那是什么。
　　為了徹底控制討伐對,寺院決定訓練一支精英部隊,一旦訓練成功,隊員們將回被派到各地去指揮討伐對的行動.這支部隊被稱為紅隊.為了各種不同的理由,眾多的人加入了紅隊的選拔訓練中,他們被分為各個小組,其中最強的一組就是奴基,基普魯,巴萊萊的三人小組,而負責記錄他們在訓練中所有行動的記錄員是一名冷艷的女性:派因。
　　在艱難的訓練中他們四人成為了好友,一起闖過了無數的生死關頭.終于,最后的選拔賽來臨了,寺院的老師要求紅隊進入米翰街道的密洞調查那神秘的魔物的真實情況,能將真實情況報告老師的就將正式成為紅對的一員.選拔是殘酷的,連武器都需要在隊員間的爭奪中獲取.可對奴基他們來說這并沒有什么。
　　然而,誰也沒料到的事情發生了.修因的怨恨和悲傷感染了每個紅隊的隊員,他們開始自相殘殺.除了奴基他們所有的人都死了,可他們堅強的意志使他們來到了洞穴的中心, 修因的怨恨和悲傷的集中地.為了尋求死亡而加入紅隊的奴基心重充滿了絕望,這使得他容易被修因的怨念所控制.當修因的怨念發現可以利用奴基的身體去實現他毀滅斯皮拉大陸的愿望時,他決定不殺死這四個人,反而讓他們知道了維魯根的存在,然后在奴基的身體中潛伏了下來。
　　奴基他們并不知道發生了什么,幸存的他們出了洞口向接應他們的僧兵報告.可修因的怨念不愿讓更多的人知道這些事,他又一次讓僧兵們自相殘殺而死.奴基他們知道作為唯一的幸存者,他們將被看作殺人犯而被處死,為了縮小目標,他們決定分手.就在分手的一剎那,奴基向另三人開了槍,也許只是為了使四個人各自仇視,奴基并沒有殺死任何一個人.他們四個人按照自己的選擇活了下去。
　　之后不久,優娜徹底消滅了辛,新的時代來臨了.托萊馬發起了真實邉�,號召人們從各地埋藏著的晶球中尋找斯皮拉大陸真實的歷史,晶球獵人這一職業也應叨�生.可是好景不長, 托萊馬成立了新艾本黨,企圖獨占找到的晶球.由于他的行為和過去的寺院類似而遭到人們的反對,奴基借機成立了青年同盟和新艾本黨對抗.當然,他的真實目的是為了在貝貝魯地下長眠的維魯根.同時巴萊萊利用托萊馬的自私自利,在新艾本黨內部發起了一場斗爭,把托萊馬趕下了臺而成為新艾本黨新的領袖. 基普魯成為了機械派的領袖,致力于在沙漠中挖掘古代的機械.派因則為了找出當年的真相而加入了海鷗團,成為了一個晶球獵人。
　　一個偶然的機會,基馬里找到了修因被關在監獄里時拍的晶球.由于修因和迪達斯的相似,基馬里認為這是迪達斯的消息而托硫庫轉交優娜.雖然不知道這真的是他還是只是某個相似的人,但為了再次和愛人相會,為了這僅有的希望.優娜決定拋開一切,開始一次僅僅只是為了自己的嶄新的旅行.優娜加入了硫庫她們的海鷗團,在那里和派因相識。
　　在旅行的過程中,優娜得到了蓮留下的服裝晶球,由于換裝盤的神秘力量,蓮的情感感染到了優娜,優娜開始了解到那一段埋沒的歷史,體會到蓮對修因的感情.與此同時,在斯皮拉大陸各地的旅行使優娜不時的回憶起迪達斯,回憶起2年前一起旅行時的點點滴滴。
　　從各地找到的晶球中,優娜得知了維魯根的存在,她決心到貝貝魯去找出真相并杜絕這一對斯皮拉大陸的威脅.由于了解維魯根會對于敵意自動反擊的特性, 巴萊萊試圖阻止優娜她們.可誰也不知道的是,修因的怨念控制著奴基利用這個機會再次潛入了貝貝魯,并利用維魯根的巨大力量將它藏到了異界的核心處。
　　在優娜的幫助下結束了永恒的召喚的宿命的祈吨�子們感覺到了巨大的危險,他們試圖去阻止修因的怨念,可修因的怨念太強大了. 祈吨�子們也被感染,成為了魔物一樣的存在.
　　奴基, 巴萊萊, 基普魯三人為了解決維魯根的威脅而在2年后再次聚首,可當年的槍擊事件使他們相互仇恨,這給了修因的怨念可乘之機,他專為控制了更為健康的巴萊萊.三個人分別為了阻止和啟動維魯根的目的而進入了異界。
　　這時,地面上的優娜為了解決在各地出現的魔物的威脅而四處奔波.偶然的機會下她也進入了異界,遇到了被修因的怨念控制的巴萊萊.由于優娜身上的歌手的服裝球, 修因的怨念誤認優娜是蓮,他要求蓮和他一起去毀滅斯皮拉大陸,和他一起再次進入長眠. 奴基他們喚醒了被迷惑的優娜,把地上的事拜托給她之后就走向異界的核心.在迷茫中,優娜仿佛聽到了迪達斯的口哨,看到了迪達斯的幻影把她帶出異界。
　　這時的地上,各大組織由于失去了強有力的領導人而亂成一團,為了團結人心,消彌敵視,優娜決心舉辦一場演唱會.在演唱會的過程中,人們親眼看到了千年前由于戰爭而產生的那場悲劇.人們開始反思所發生的一切。
　　演唱會會后的優娜她們收到了來自異界的消息,知道了一切的根源在那里的優娜決心再次進入異界以解決這一切.一路上她們擊敗了過去的眾多戰友—召喚獸,從修因的怨念中擺脫的祈吨�子告訴優娜那只是修因的影子,是修因的怨念和悲傷的集合.優娜決心用光,也就是蓮對修因的愛去消除影子。
　　經過艱苦的戰斗,修因的怨念終于在蓮的愛意中消除了.又一次拯救了斯皮拉大陸的優娜再次遇到了祈吨�子,當了解到優娜對迪達斯思念后,祈吨�子答應盡力一試,讓迪達斯重回優娜的身旁。
　　消除了誤會的3巨頭再次握手,號召人們為了斯皮拉大陸的未來共同努力.而優娜,這個又一次給斯皮拉大陸帶來和平的人卻沒有出現在慶祝大會上,她讓3巨頭帶話給斯皮拉大陸的每個人:”我將在某處的天空中快樂的過著每一天”。
　　在優娜和迪達斯初次見面的某處的海底, 迪達斯慢慢地游向海面,遠處的天空中,海鷗團的飛空艇正急駛而來…