數碼世界原是由三只天使管治的，可惜其中一只天使基路比獸叛變起來，令數碼世界失去平衡，陷入危機。 在弟弟的生日會中，悶得發呆的神原拓也在手提電話收到一個訊息，叫他到火車站；在火車途中與上源輝二， 不知應可從去向的拓也就追著輝二，最後到了一個神秘的月臺。神秘月臺上有數架火車，上了火車的還有織本泉、柴山純平和冰見友樹在火車上，他們各人的手提電話竟變成了武裝暴龍機，而那架火車原來是一只數碼精靈。當他們到達數碼世界， 就遇上了求助的問答獸和多加獸，正逃避沙路比獸 。拓也取得了火之戰魂， 並將自己武裝進化成火神獸，擊退沙路比獸。這次被選中的小孩，都各自擁有自己的屬性，拓也的是代表火，輝二是光， 泉是風，純平是雷，友樹是冰，他們都各自進化成代表這些屬性的十鬥士數碼精靈，回復數碼世界的平衡。 其後故事中段，輝二再次遇上木村輝一，輝一與輝二是兩兄弟，但由於父親再婚而分隔，輝一也是十鬥士之一，所代表的屬性是暗。 三天使之一的神聖天使獸也被消滅，而變回數碼蛋，敷出來的巴達獸就除一同上路。 而再後期基路比獸已回復正常，可惜出現了更厲害的敵人，拓也和輝二亦不斷進化，去解決數碼世界被毀滅的危機...