江戶時代末期（本作的20年前），被稱為“天人”（あまんと）的謎之異星人來襲。於是地球人與天人之間的戰爭瞬即爆發，為數眾多的武士和攘夷派志士都參與與天人的戰鬥。幕府見《銀魂》劇照(20張)識到天人強大的實力後，最終向天人低頭，放棄武士不管，擅自與天人簽訂不平等條約，准許他們入國。其後更頒布了“廢刀令”，奪走了武士的刀，使他們無力反抗。自此，天人橫行霸道，幕府為天人所影響，甚至被控制，成為了“傀儡政權”。在這樣的時代，有一個落魄，但是卻一直貫徹自己武士道的男人與同伴的生活的故事……