為了重新封印被野心家瑪魯斯復活的魔王道斯，主人公克雷斯和女主人公敏特在朋友切斯塔和莫里森的幫助下，被時空轉移法術送到了100年前的過去。在那個時代召喚師克拉斯和可愛的魔法師阿潔正在協助米德加魯斯軍隊抵抗道斯怪獸軍團的侵略，後人稱為“瓦爾哈拉戰役”。由於無法回到以前的時代，敏特他們決定留下來幫助保衛米德加魯斯。戰鬥中，米德加魯斯騎士團長萊贊啟動了魔導炮，由於耗盡了世界樹的瑪娜能量而發生暴走，將米德加魯斯城夷為平地。這個時候萬物之母瑪蒂露向敏特發出呼救，而魔王道斯也出現在她的眼前